祭孔的最重要议程是三献礼，主祭人要先整衣冠、洗手后才能到孔子香案前上香鞠躬，鞠躬作揖时男的要左手在前右手在后，女的要右手在前左手在后。所谓三献，分初献、亚献和终献。

　　初献帛爵，帛是黄色的丝绸，爵指仿古的酒杯，由正献官将帛爵供奉到香案后，主祭人宣读并供奉祭文，而后全体参祭人员对孔子像五鞠躬，齐诵《孔子赞》。亚献和终献都是献香献酒，分别由亚献官和终献官将香和酒供奉在香案上，程序和初献相当。

　　现今改革

　　如今的曲阜祭孔大典共分为明故城开城仪式、孔庙开庙仪式、现代公祭和传统祭祀四个部分。在音乐、舞蹈和服饰等方面都有了新的发展。首先是音乐新，在原有乐谱的基础上，重新制作了开城、祭孔音乐，引入了交响乐、合唱乐团的表现形式，意在达到磅礴大气、震撼人心的艺术效果。其次是舞蹈新，大典参照《中国历代孔庙雅乐》等有关文献图谱，对祭孔乐舞进行了重新编排，使其更具感染力。再者是服饰新，演出使用的明代服装和道具经过重新设计制作，准确体现了明代祭孔的规模和盛况。更加古朴、庄严、凝重，展现了"千古礼乐归东鲁、万古衣冠拜素王"的盛况。